Las dos formas son correctas, aunque depende de lo que se quiera decir para que se utilicen bien.
Lo habitual es emplearlo como sinónimo del adverbio ‘principalmente’, en cuyo caso la locución debe escribirse separado (‘sobre todo’).
Por ejemplo: «Le gusta hacer deporte, pero sobre todo jugar al fútbol».
Sin embargo, el término ‘sobretodo’ también existe, pues es un sustantivo que significa «prenda de vestir, larga y con mangas, que se lleva encima de las demás prendas».
Su uso es habitual en Latinoamérica, por ejemplo: «Tenía frío, así que antes de salir a la calle se puso el sobretodo».
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