Esta expresión se suele utilizar cuando algo que era muy esperado se produce o se presenta cuando ya no sirve para nada.
Los mangas verdes eran los cuadrilleros de la Santa Hermandad, quienes vestían de verde y se encargaban de detener y encarcelar a los malhechores.
Habitualmente y adrede llegaban tarde, cuando los ladrones ya se habían dado la fuga. De ahí la expresión tan comúnmente utilizada.